Sünni ve Şii siyaset doktrinlerini ve bunların Türkiye ile İran tarihlerine etkisini anlamak için anahtar kavram “ülül-emre itaat”tır. Kelime tercümesiyle, emr (yetki) sahiplerine itaat demektir. Bu kavram Kuran’da Nisa Suresi’nin 59. ayetinde şu şekilde geçmektedir: Ey iman edenler! Allah’a itaat edin. Peygamber’e ve sizden olan ülül-emre itaat edin...İranlı akademisyen Momen’in de belirttiği gibi, Sünni siyaset doktrininde “ülül-emr” kavramı halife, hükümdar, hükümet ve idareciler olarak anlaşılmış ve böylece siyasi otorite meşrulaştırılmıştır. Şii siyaset doktrininde ise “ülül-emr” siyasi otorite değil, imamlardır. “Ülül-emr” konusunda Sünnilik ile Şiilik arasındaki bu çok büyük yorum farkı toplumların siyasi kültürlerini ve din-devlet ilişkilerini de derin bir şekilde etkilemiş, tarihin akışına farklı yönler vermiştir. Dolayısıyla, mesele teolojik bir konudan öteye, siyasi kültürle ilgili, tarihi ve sosyolojik bir konudur. İranlı Momen, “ülül-emr” konusundaki Sünni anlayışı şöyle anlatıyor: Sünni İslam kendi ana-siyasi (constitutional) teorisini Sünni devletin var olduğu ortamda geliştirmiştir. Bu sebeple, politik anlayış ile dini anlayış birbirine eklenmiş ve din, devletin temel desteklerinden biri olmuştur. Yöneticiye itaat dini bir görev haline gelmiştir. Öyle ki, anarşiye tercih edilir olduğu için, yönetici adaletsiz olsa bile itaat gerekir. Hatta, kadı (yargıç) olarak atanmış bir ulema, bilgisi, yeteneği ve adalet duygusu yetersiz de olsa, sırf hükümet tarafından atandığı için, yetkili sayılacaktır. Sünnilikteki bu anlayış sayesinde, Osmanlı’da XIX. yüzyılda şer ’iye mahkemelerinden ayrı, “laik” karakterli nizamiye mahkemeleri kurulacaktır. Momen, Şiiliğin “ülül-emr” anlayışını anlatırken, şartların farklılığına dikkat çekiyor: Şii İslam’ın gelişmesi ise, çok defa Sünni devletlerde baskı altında tutulan Şii azınlıklar arasında olmuştur. Böylece, (Şii devletlerinin oluşmadığı) bu ilk aşamada Şiilik, Sünni Maverdi gibi (siyasi otoriteyi destekleyen) teorisyenlere ihtiyaç duymamıştır.
Halbuki Ehl-i Beyt ve Hz. Ali yanlıları (Şia) Emeviler ve Abbasiler zamanında baskılara, zulümlere maruz kalmıştır. Bu durumda Şiilikten “ülül-emre itaat” kavramını devlete itaat olarak anlamasını beklemek gerçekçi olmazdı. Zaten Şiilik Peygamber Efendimiz ’den sonra sadece Hz. Ali ve onun soyundan gelen on bir (toplam on iki) imamdan başka meşru otorite tanımamış, ayetlere ve hadislere de buna göre anlam vermişti. Momen’in belirttiği gibi, “Şiiler için bütün politik otorite teorik olarak imama aittir”. Böylece Sünniliğin aksine, Şii düşüncesinde, siyasi şartlara göre değişiklikler olmakla birlikte, genel eğilim olarak siyasi otorite gayrimeşru sayılmıştır.[ Moojan Momen, Shi’i Islam, s. 191-196.]Bütün ruhani ve siyasi otoritenin toplandığı “On İki İmam’dan sonuncusu olan İmam Mehdi’nin “saklanmasından” sonra, Şiiler, siyasi otoritenin “sakıt olduğunu” (düştüğünü) kabul ederler. Bu, Şiilikte uzun süre bir “depolitizasyon”a ve siyasi otoriteye karşı “ilgisizliğe” yol açmıştır. Hatta Arjomand’a göre, Şiilikte imamın üstün otorite sayılması “hukuki değil teolojik” bir anlayışa dönüşmüştür. Fakat Arjomand da Şiiliğin daima siyasi otoriteyi küçümsediğini, ulemanın desteğine sahip Safeviler zamanında bile siyasi otoriteyi meşrulaştıran bir Şii siyaset teorisi ortaya konulmadığını vurgular. Bernard Lewis’e göre, Şiilikte “Hz. Ali’nin ve haleflerinin görevlendirmediği bütün Sünni iktidarlar gaspçı” olarak görülmüştür. Buna mukabil “Sünnilerde hâkim olan görüş, hükümdar günahkâr bile olsa ona itaatin zorunlu olduğu” şeklindedir.[ Bernard Lewis, İslam’ın Siyasal Dili, s. 157-158]