Barnabas İncili ’nin yasaklanması 325 yılında gerçekleşmiştir. Bazı kişilerin iddialarına göre İznik Konsili’ nin toplanmasından çıkan karar doğrultusunda teslis inancı resmîleştirilip Katolik Kilisesi için o ana kadar yazılan üçyüz farklı İncil’den sadece teslis inancını benimseyen dört tanesi kullanılmak üzere seçilerek diğer bütün İncillerin yok edilmesi kararı verilmiştir. Barnabas İncili de bu yasaklanıp yok edilen İncillerin içerisinde bulunmaktadır fakat bu iddia herhangi bir şekilde kanıtlanamamıştır. Buğun elde mevcut olan en eski Barnabas İncili nüshası, 1709 yılında Prusya Kralı’nın sarayında danışman olarak çalışan Krimer’in elinde bulunmuş olup İtalyanca olarak yazılmıştır. İsa’nın anadili olduğuna inanılan Aramice kullanılmış olması Barnabas İncili ‘nin en önemli özelliğidir. Vatikan tarafından “apokrif” İncil olarak tanımlanmaktadır; yani varlığı kabul edilen ancak içeriği Vatikan tarafından kabul edilmeyen İnciller sınıfındadır. Ayrıca Türk Özel Kuvvetler Komutanlığı’nda orijinal bir nüshasının bulunduğu ve özel olarak korunduğu bilgisi zaman zaman basına yansımıştır. içinde Hz. Muhammed’i haber veren ayetler olduğu için Müslümanların büyük ilgi gösterdiği Barnabas İncili ‘nin bugün basılı 2 nüshasının olduğu biliniyor. Hıristiyan kiliselerinin “apokrif” yani varlığını kabul ettiği ama içindeki bilgileri reddettiği Barnaba İncili, 1979’da önce Pakistan’da İngilizce olarak yayımlandı. Daha sonra İngilizce ’den tercüme edilerek Türkçe basıldı. Barnaba İncili’ni 1980’lerin ilk çeyreğinde Zafer dergisi gündeme getirmiş, Türkiye günlerce bu İncil’i konuşmuştu. Pakistan’da basılan Barnaba İncili, Avusturya’daki nüshadan yapılan bir baskının Amerikan Kongre Kütüphanesi’ndeki nüshasından tercüme edilmişti. Dünya bu İncil’in varlığından, ABD’deki nüshadan alınan mikrofilmlerle Pakistan’da yapılan baskıdan sonra haberdar olmuştu”