Zamanla Mısır’ın Fâtımîler’den itibaren bütün dönemlerine ait farklı mimari üslûplarını bir arada sergiler hale gelen ilk bina, Halife Muiz-Lidînillâh’ın emriyle, Fustat’ı zaptederek yakınına Kahire’yi kuran veziri ve kumandanı Cevher es-Sıkıllî (es-Saklebî) tarafından şehrin cuma camii olarak yaptırılmıştır. İnşaatın Cemâziyelevvel 359’da (Mart 970) başlayıp Ramazan 361’de (Haziran 972) bittiği ve ayın ilk cuma namazıyla (7 Ramazan / 22 Haziran) ibadete açıldığı bilinmektedir. Makrizî’nin de metnini verdiği mihrap üstü kubbesinin kasnağında bulunan kitâbesi XX. yüzyılın başlarında kaybolmuştur. İlk devir kaynaklarına adı Musalla’l-Kāhire ve Câmiu’l-Kāhire şeklinde geçen camiye daha sonraki yıllarda verilen “Ezher” (çok parlak, çok güzel) adının Şiî Fâtımîler tarafından, bu kelimenin müennesi olan Hz. Fâtıma’nın “Zehra” lakabından esinlenerek konulmuş olabileceği ileri sürülmektedir. Yine Fâtımîler döneminde camiye onun adıyla anılan bir de maksûre eklenmiş olmasının bu fikri güçlendirdiği söylenebilir.