Kimyasal antiseptiklerin mikroplar üzerinde nasıl etkili oldukları tamolarak açıklanamamıştır. Bu maddeler doğrudan doğruya mikrop hücresinegirerek yaşamsal işlevlerini engelleyebileceği gibi, mikrop hücresinindış zarını eriterek de yıkıcı etki gösterebilir. Ne var ki birçokantiseptik normal hücreler üzerinde de ayn etkiyi yapar. Bu yüzden bumaddelerin dikkatli kullanılması gerekir. Bazı antiseptikler ağızdanalındığında ya da vücuda şırınga edildiğinde ağır sonuçlara, hattaölüme yol açabilir.