Küme tipi baş ağrısı en sancılı baş ağrısı türlerindendir. Küme tipi baş ağrılarının en önemli özelliği, atakların periyodik aralıklar yani kümeler halinde ortaya çıkmasıdır.



Küme tipi baş ağrılarının temel nedeni bilinmemektedir. Buna karşın hipotalamusta ortaya çıkan anormalliklerin önemli bir rol oynama ihtimali üzerinde durulmaktadır. Küme tipi baş ağrıları genellikle 24 saatlik süre içerisinde aynı zamanlarda ortaya çıkar ve küme tipi baş ağrısı ataklarının döngüsü çoğu kez mevsimleri takip eder.

Kişinin biyolojik saatinin küme tipi baş ağrıları üzerinde önemli bir rol oynadığını düşünülmektedir. İnsanlarda biyolojik saat beyin merkezinin derinliklerinde bulunan hipotalamusta yer alır. Hipotalamustaki anormallikler küme tipi baş ağrısının döngüsünü açıklayabilir. Çalışmalar küme tipi baş ağrısı atakları esnasında hipotalamusta artan bir aktivite saptamıştır.

Küme tipi baş ağrısına neden olabilecek faktörler şunlardır:

Hormonlar: Küme tipi baş ağrısı bulunan kişilerde melatonin ve kortizol seviyeleri ataklar esnasında anormaldir.

Sinir taşıyıcılar: Serotonin gibi beyine uyarı gönderen bazı kimyasalların (sinir taşıyıcı) seviyelerindeki değişiklikler küme tipi baş ağrılarının ortaya çıkmasında önemli rol oynayabilir.