Endoskopik böbrek taşı ameliyatında sırt bölgesinde böbrek hizasına 0,5 - 1 cm boyutunda bir kesi yapılır. Röntgen kontrolü altında böbreğe iki ucu açık ince bir tüp yerleştirilir. Bu tüpten yerleştirilen optik cihaz yardımıyla taş video sistemi ile monitörde görülür ve özel aletler yardımıyla çıkartılır. Perkütan ameliyatının en önemli üstünlüğü vücut dokularının normal yapısının korunmasıdır. Bunun sonucunda iyileşme süreci hızlıdır. Hastalar ameliyat sonrası dönemi açık ameliyata göre çok daha rahat geçirmektedir. Hastalar genellikle 2 - 3 günde taburcu edilerek günlük aktivitelerine hızla kavuşurlar. Bu, açık böbrek taş ameliyatı ile karşılaştırıldığında oldukça kısa bir süredir.

Özellikle böbreğin alt havuzcuklarına yerleşen taşlarda ve büyük boyutlu taşlarda ESWL’nin başarısı önemli ölçüde düşer. Bu durumlarda PCNL ameliyatı yüksek başarı sağlayan minimal invaziv girişimdir. Ameliyat işlemi sırasında taşı temizlemek için pnömotik litotripsi ve lazer litotripsi kullanılır. Bu teknolojiler yardımı ile en sert taşlar bile rahatlıkla kırılmaktadır. Bu teknikle tüm böreği kaplayan ve koraliform taş olarak adlandırılan taşlara da müdahale edilebilinmektedir.