İmâm-ı Rabbânî hazretleri ilk tahsîline, babasından ders alarak başladı. Babasından okuyup Arapçayı öğrendi. Küçük yaşta Kur'ân-ı kerîmi ezberledi. Sesi güzel olduğundan, Kur'ân-ı kerîmi bülbül gibi okurdu. İlminin çoğunu babasından, bir kısmını da zamânının meşhûr âlimlerinden öğrendi. Babasından ders aldığı sırada, çeşitli ilimlere âit küçük kitapları ezberledi. Babasından aldığı dersleri tamamlayınca, Siyalkut şehrine gidip orada, Mevlânâ Kemâleddîn Keşmîrî'den ilim öğrendi. Mevlânâ Kemâleddîn meşhûr âlim Abdülhakîm-i Siyalkûtî'nin de hocası olup, zamânının en yüksek âlimi idi. Bâzı hadîs kitaplarını da Şeyh Yâkûb-ı Keşmîrî'den okudu. Kâdı Behlûl-i Bedahşânî'den; hadîs, tefsîr ve bâzı usûl ilimlerinde icâzet, diploma aldı. On yedi yaşında iken tahsîlini tamamlayıp, bütün ilimlerden icâzet aldı. Tahsîli sırasında, Kâdîrî ve Çeştî büyüklerinin kalblerindeki feyz ve lezzeti babasından aldı. Babası hayatta iken, talebelere ilim öğretmeye başladı.

Bu sırada; Risâlet-üt-Tehlîliyye, Redd-i Revâfid, İsbât-ün-Nübüvve adlı eserlerini yazdı. Edebiyâta çok meraklı olup, fesâhatı ve belâgatı, sür'at-i intikâli, zekâsının şiddeti herkesi hayrette bırakıyordu.

Bu kadar ilmi ve herkesin üstünde olgunluğu, tevâzûsu ile birlikte kalbi, Ahrâriyye, Nakşibendiyye büyüklerinin aşkı ile yanıyor, bu yolda yazılmış kitapları okuyordu. Babasının vefâtından bir sene sonra, hacca gitmek üzere Serhend'den yola çıktı. Bu yolculuğunda Delhi'ye varınca, orada tanıdıklarından ve Muhammed Bâkî-billah'ın talebelerinden olan Mevlânâ Hasan Keşmîrî ile görüştü. Mevlânâ Hasan Keşmîrî, onu hocasının huzûruna götürüp, tanıştırmak istedi ve; "Bugün Ahrâriyye yolunda bu ülkede başka böyle büyük bir zât yoktur. Tâliblerin onun bir nazarıyla bakışıyla kavuştukları mânevî derecelere günlerce çekilen çileler ve çeşitli riyâzetlerle nefsin istediklerini yapmamakla kavuşmak mümkün değildir." dedi.

İmâm-ı Rabbânî hazretleri, daha önce babası Abdülehad'dan da Ahrâriyye yolunun ve bu yolda bulunanların üstünlüklerini ve kıymetini duymuştu. Bu yolun büyüklerinin kitaplarını okuyup onların güzel hâllerini bildiği için; "Bu Hicâz yolunda, böyle büyük bir âlimden, bu büyükler yolunun zikr ve usullerini almaktan daha iyi ne olur?" diyerek Muhammed Bâkî-billah'ın huzûruna gitti. Huzûruna girince kalbinde bir nûr parladı. Mıknatıs iğneyi çeker gibi çekildi. Kalbi şimdiye kadar hiç duymadığı, bilmediği şeylerle doldu. Hacdan sonra uğrayıp istifâde etmeği niyet etti ise de, kalbindeki sevgi ve arzu, kendisini bırakmadı. Ertesi gün huzûruna gelip, Ahrâriyye feyzine kavuşmak şevkini arzusunu bildirdi ve hizmetinde kaldı. Edeble ve can kulağı ile sözlerine ve hâllerine bağlandı. Böylece Kâbe'ye gitmekten vazgeçip, Kâbe sâhibini istedi. Üstâdının da lütuf ve himmeti ile iki ay içinde kimsede görülmeyen hâllere kavuştu.

İmâm-ı Rabbânî hazretleri, Muhammed Bâkî-billah'ı tanıdıktan sonra, edeple ve can kulağı ile bu hocasının sözlerine ve hâllerine bağlandı. Birkaç ay sonra, hocası Muhammed Bâkî-billah ona icâzet verdi. Böylece tasavvuf ilminde ve hâllerinde de yüksek dereceye kavuştuktan sonra, memleketi olan Serhend'e dönmesi emrolundu. Hocası, talebesinden çoğunun yetiştirilmesini de ona bırakıp, onları da arkasından Serhend'e gönderdi. Hocası onun için şöyle buyurdu: "Kalblere devâ, rûhlara şifâ olan bu tohumu, Semerkand ve Buhârâ'dan getirip Hindistan'ın bereketli toprağına ektim. Tâliblerin yetişip kemâle gelmesi için uğraştım. O (İmâm-ı Rabbânî), her dereceyi aşıp, üstünlüklerin sonuna varınca, kendimi aradan çekip, talebeyi ona bıraktım."

İmâm-ı Rabbânî hazretleri, memleketine gelince ilim ve edep öğretmeye isteklileri yetiştirmeğe ve yükseltmeğe başladı. Şöhreti her yere yayılıp, her taraftan âşıkları, onun ilminden ve feyzinden faydalanmaya geliyordu. Talebelerine Beydâvî Tefsîrî, Sâhîh-i Buhârî, Mişkât-i Mesâbîh, Avârif-ül-Me'ârif, Üsûl-i Pezdevî, Hidâye ve Şerh-i Mevâkıf gibi bâzı din kitaplarını ders olarak mükemmel bir şekilde okuturdu. Ömrünün son zamanlarında dahî talebelerine ilim tahsîlini sıkı sıkı emreder, buna çok önem verirdi. Herkesin kalbini ilim ve nûr ile dolduruyor, Muhammed aleyhisselâmın dînini canlandırıyor ve kuvvetlendiriyordu. Zamanının pâdişâhlarını, vâli, kumandan, âlim ve hâkimlerini, çok tesirli mektupları ile, dîne, sünnet-i seniyyeye teşvik ediyor, çok âlim ve velî yetiştiriyordu. Allahü teâlâ ona öyle mânevi ilimler ihsân etmişti ki hocası Bâkî-billah da bu yeni ilimlere kavuşmak için huzûruna gelir, hürmetle otururdu. Hattâ bir gün geldiği zaman, İmâm-ı Rabbânî'yi kalbi ile meşgûl görüp, odaya girmedi, hizmetçiye de haber verip; "Rahatsız etme!" dedi ve sessizce kapıda bekledi. Bir müddet sonra İmâm-ı Rabbânî hazretleri kalkıp; "Kapıda kim var?" deyince üstâdı; "Fakîr Muhammed Bâki." dedi. Bu ismi duyunca kapıya koşup, edep ve tevâzu ile karşıladı.