Kaptan-ı Derya Kılıç Ali Paşa, bir gün zamanın padişahı III. Murad Han’ın huzuruna çıkarak, kendi adına bir cami yaptırmak için müsaadelerini istedi. Fakat şair ruhlu ve aynı zamanda nüktedan olan padişah:
- Sen ki deryaların serdarısın. Muktedir isen camiini derya üzre inşa et! Sana karada bir karış yer yoktur,diye ferman buyurdu.

Kılıç Ali Paşa bu fermanı gayet soğukkanlı karşıladı ve:

-Hünkarımız doğru derler. Bizim evimiz de, mekanımız da deryalar dır. O halde mabedimizin de derya üzre inşası münasibdir, deyip müsaade isteyerek huzurdan çıktı. Fakat deniz üzerine cami nasıl yapılacaktı? Hemen o devrin en büyük mimarı Koca Sinan’ın yanına vardı ve durumu ona anlatarak, bu eseri de kendisinin inşa etmesini istedi ve bunun için de, Tophane açıklarında bu inşaatın yapılabileceğini söyledi.

Mimar Sinan’ın, inşaat yerini görüp beğenmesiyle hemen harekete geçildi. Kılıç Ali Paşa, kadırgalarla Anadolu sahillerinden iri kayaları taşıtarak Tophane açıklarında denizi doldurtmaya başladı. Böylece birkaç gün içinde burada küçük bir ada meydana geldi. Burada sahile kadar da ahşap bir köprü inşa edildi. Sonra da Mimar Sinan inşaata başladı. Eserini tamamlayınca o yüce mimar:

-Deryalar kudursa ve azgın dalgalar kubbenin tepesinden aşsa, yine bu mabed kıyamete kadar kalacaktır, dedi.

Sonraki asırlarda, sahil ile caminin bulunduğu ada arası doldurularak cami denizden içeride kalmıştır.